Uhlí vzniká geochemickou fází zvanou prouhelňování z organického materiálu za nepřístupu vzduchu, kde dochází k syntéze monomerů v geopolymery. Postupnou přeměnou vrstev odumřelých stromů působením tlaku při nepřítomnosti vzduchu se přecházelo z fáze trouchnivění, rašelinění až k prouhelňování, což mělo za následek snižování obsahu kyslíku a vodíku a nárůst uhlíku. Tyto procesy mají za následek současně i rozpad struktury rostlin a jejich postupné tmavnutí.